少年的孙中山因为家境贫困交不起学费，到1876年他10岁的时候，才正式进翠亨村的私塾读书。村塾以祖庙的名义开办，设于翠亨村冯氏宗祠，所习功课除了练习写字，有《三字经》《千字文》《幼学故事琼林》《古文评注》，以及四书五经选读等。在村塾里，没有星期天，也没有寒暑假，只在农历新年、端午和中秋前后，才给学生几天假期。孩子们每天从早到晚，就是机械地背诵书本。塾师教课时从不解说书中的意义，唯一要求就是要学生一字不漏地死读硬记。
孙中山爱动脑筋，又很聪明，记性也好，读了几遍就能朗朗上口，背诵无讹。他热衷于学习，为了节省灯油常在月光下阅读，但慢慢地对不求甚解一味背诵儒家经籍的传统封建教学方法，产生了怀疑和不满。他曾要求塾师讲解“大学之道，在明明德”的含义，并对塾师质疑：“老师，我天天读书，不知书中讲些什么道理，这有什么用呢？”塾师不仅不给他满意的回答，反而气得拿起戒尺严加训斥：“呀！自古以来就是这样教法的，看谁胆大竟敢违背先贤的教诲！”但是，孙中山始终不服气。许多年以后，孙中山还对同学谈起当时敢于提问的想法，他说：“学问学问，想学就要问，学而不问，怎么能懂呢？”
孙中山在幼年的启蒙时期，所显露出来的坚强性格和敢于发表己见去追求真知的精神，是难能可贵的。这对他后来出洋留学时努力探求新知，并在一生中都重视读书是一种直接的推动。
在翠亨村，有一位曾经跟随天王洪秀全打过清军的太平军老将士，名叫冯爽观。他早晚在孙中山住屋门前的大榕树下乘凉，常常对孩子们回忆广东花县的洪秀全，讲述太平天国反清的革命故事。当他绘声绘色地讲到金田起义、定都南京、打破江南江北清军大营和逼得曾国藩投水自杀时，孩子们个个眉飞色舞。在这些孩子里，孙中山听得最认真、最动情。他对洪、杨等农民起义的革命故事，产生了极大兴趣，深深地感到它比村塾里的死板的书本有趣得多，所以久听不倦，每每听得出神。太平天国革命者的英雄形象和清朝统治者的狰狞面目，在他幼小的心灵里留下深刻印记。有一次他在听讲中禁不住脱口而出：“洪秀全灭了满清就好咯。”冯爽观也特别喜欢敏捷聪慧的孙中山，他曾高兴地摸着孙中山的小脑袋说：“你真是‘洪秀全第二’啊！”从此，孙中山在儿童嬉戏中也以此自居。后来，他在香港学医时，还常谈起洪秀全，称他是反清第一英雄，对太平天国没有成功深表惋惜，暗中下定决心要学习洪秀全，并常以“洪秀全第二”
自命。
在中国封建社会中，妇女必须缠足，这是一种相沿千百年的残害妇女身心的传统陋俗。女孩子一到六七岁就要缠脚，社会上几乎所有的妇女照例都裹着小脚。孙中山的母亲两只脚缠得又瘦又小，行动很是不便。后来他的姐姐因家里穷要帮干家务和农活，直到15岁才开始缠足。这时脚已长大，硬要缠小，更加痛苦。孙中山见姐姐因缠足痛苦得呻吟流泪，心中十分不忍，就一再向母亲央求：“姐姐的脚好好的，为什么要用布把它包扎起来呢？你看姐姐痛得这么厉害，不扎不可以吗？”他母亲却无可奈何地回答：“唉！孩子，你姐姐不缠足，是没有人家要的。”孙中山争辩说：“山里的那些客家人妇女，不也是不缠足的吗？”他对这种折磨人的传统习俗怎么也想不通。
随着年龄和知识的增长，孙中山目睹和耳闻的自己身旁发生的黑暗事实和不良现象越来越多。当他渐渐懂事后，对周围的封建陋习越发不满和反感，十分厌恶赌博、蓄奴等事。
孙中山的家乡翠亨村虽然是一个贫穷落后的村落，但它东与香港隔海相望，南与澳门紧相毗邻，距村不远又有外国轮船经常停泊的金星港，这就大有别于内地村庄，而能够较早较多地接触到新事物、新思想。孙中山幼年时不断听到一些海外发生的新奇事情，还听到已经垦殖致富的哥哥孙眉对海外生活绘声绘色的种种描述，譬如海外的风土人情、社会习俗和檀香山的土地肥沃、食物丰富、果园和葡萄园众多，太平洋群岛上都是“草经冬而不枯，花非春而亦放”，以及那里地广人稀，开垦致富容易等，引起了他的强烈向往，遂萌“出洋之志”，一心想去看看那个未曾见识过的广阔世界。
但是，孙中山的父亲却认为自己的两个弟弟死在海外，连尸体都找不到，举家感到悲痛，现在有一个儿子出外冒险已经够了，所以拒绝了孙中山的要求。不久，孙中山的母亲准备去檀香山探望发了财的儿子，于是孙中山就乘机提出要与母亲同行，以广见闻。在他一再恳求下，终于获得父亲的同意，实现了梦寐以求的出洋愿望。
1879年6月的一天，13岁的孙中山穿着中国农村的土布服装，拖着长辫子，随同母亲去澳门，然后登上一艘2000吨的英国轮船“格兰诺去”号，远离家乡，前往檀香山。
第一次离开农村走向世界，孙中山感到无比欢欣和激动。他伫立船头，展现在面前的是一望无际的太平洋，和轮船劈波斩浪向前飞驶的壮观景象。孙中山怀着强烈的求知欲，好奇地观察着一切，什么蒸汽机、锅炉和巨大坚实的金属大梁等，使这个从小生活在贫穷山村里的少年惊叹不已。孙中山的这一次长达20多个昼夜的远航，使他大开眼界，成为他早年生活经历中的一个重要转折点，也是他一生中第一个重大转折。他后来在给英国著名汉学家翟理斯（Herbert Allen Giles）的信中，追述当时自己的感受说：“始见轮舟之奇，沧海之阔，自是有慕西学之心，穷天地之想。”
檀香山，即夏威夷群岛，位于北太平洋之中，介于亚洲和美洲之间。它由20多个岛屿组成，气候温和，风景秀丽，盛产糖、米和水果等。那时夏威夷虽是一个君主制国家，但资本主义正在这里茁壮成长，并且随着欧风美雨的影响，已兴办了资产阶级学校。孙中山到达后，起初被安排在茂宜岛茄荷蕾（Kahului）埠孙眉开设的商店里当店员，除照料店务外，还勤奋地学习中国式的商业会计，又进盘罗河学校补习算术等科，很快就学会了记账和珠算。由于顾客多是当地居民，说的是方言“楷奈楷”语，孙中山也很注意学习当地语言，没多久便学会了日常生活用语，能应付自如。孙眉很快发现自己的弟弟很聪明，对这里的事务饶有兴趣，有强烈的求知欲和很好的领悟能力，又肯刻苦学习，就改变了要孙中山学经商的最初打算，在同年的9月中旬送他进学校读书。从此，孙中山开始系统地接受资本主义教育，所学的主要是西方的文化知识。
孙中山先进入的是火奴鲁鲁（Honolulu，位在柯湖岛“Oahu Island”上，是当时夏威夷这个君主制国家的首都，华侨又称作檀香山正埠）英基督教监理会所办的意奥兰尼学校（男子初中）。这所学校只收夏威夷人子弟和混血种的夏威夷青年，后来才兼收东亚人，中国学生极少。孙中山入学时，只有钟宇（钟工宇）、唐雄和李弼3名中国学生，以后又陆续增加了6名。它是一所英国色彩十分鲜明的学校，教科书全是英文，讲授英国历史，算术是以英镑、先令、便士计算，教材的内容，包括西方社会政治学说和自然科学的基础知识，以及英语、《圣经》等科目。教师讲课都用英语，孙中山刚入学时一点也听不懂，简直像个哑巴，教师只得用手势向他表达意思。最初一段时间，孙中山觉得十分为难，但他并不气馁，而是怀着强烈的求知欲，刻苦、顽强地攻读。他很注意掌握正确的学习方法，没有去死记硬背。他花了10天工夫，仔细观察英、汉两种语言在发音和构词方面的差异，发现学习英语的关键，在于掌握它的发音规律和构词方法。由于方法得当，成绩提高很快，用了很短的时间就在读和写方面都取得了惊人的成绩。英语是国际性语言，孙中山通过勤奋学习逐步掌握了这种语言工具，他后来在全世界从事革命活动，博览外国图书馆的各类书籍以及同各国的朝野人士打交道，都从中获益匪浅。
孙中山勤奋学习，除了完成学校布置的课业外，还利用课余时间补习中文和浏览中外群书，对于有关美国独立战争的书籍，以及华盛顿、林肯等资产阶级革命家的传记，特别感兴趣，希望从中能找到他一直追求的真理。他对欧美民族、民主革命领袖们推崇敬仰，并产生了以为师法的念头。孙中山少年时代的一些知识积累，为他以后的政治思想、哲学思想奠定了初步基础。
1882年7月，孙中山完成了在意奥兰尼学校的学习。在盛大的毕业典礼上，他得到了学校的嘉奖。这个3年前连ABC都不懂的中国农村孩子，今天却在全校数百名英、美籍和本地土著学生中成绩出众，成了名列全年级英语文法考试第二名的优秀学生，夏威夷国王架剌鸠向他亲颁奖品。这一事，孙眉以及当地华侨皆引以为傲，并在华侨社会中传为美谈。
孙中山从意奥兰尼学校毕业后，曾有一段时间在孙眉经营的商店里协理店务。同年秋，他考入当地的一所高级中学——奥阿厚书院（Oahu College）继续求学。该校是檀香山的最高学府，由当地的美国基督教公理会于1841年创办，学生大多是与夏威夷福音堂（公理会教友和长老会教友）有关系的传教士子女。在这所学校里，孙中山除学习正式课程外，对世界各国的历史和现状也产生了兴趣，知识面开阔，学业也与日俱进，曾打算毕业后赴美国攻读大学，继续深造。
在意奥兰尼学校和奥阿厚书院里，宗教教育都占着很重要的地位。前者的校长韦礼士牧师为了使该校的学生们皈依上帝，有计划地专门开设了圣经课程，规定学生们每个星期日必须去圣安德勒教堂做礼拜；后者除圣经课和星期礼拜外，更安排由主教亲自讲授圣经课，学生们早晚要在学校教堂祈祷，有不少学生是教徒。这一切对孙中山影响很大。耳濡目染，他被基督教义所吸引，对其中的平等、博爱的内容十分感兴趣，并热心地背诵《圣经》，觉得比中国儒教“君君臣臣、父父子子”那一套严格的封建等级制度要好得多，因此，积极参加唱诗班等各种宗教的聚会，早晚在学校教堂的祈祷和星期日去教堂的礼拜也都参加，对基督教的感情也随之愈来愈深，“信道渐笃”。一天，在孙眉的家中，他勇敢地嘲弄并撕毁了供着“保佑”人们“平安出海”的关帝（关云长）神像，认为：关云长只不过是三国时代的一个人物，死后怎能降福人间，替人消灾治病呢？同时，他还想受洗礼入基督教。这引起他哥哥的震怒和强烈反对。坚守旧俗的孙眉担心孙中山违背中国旧的宗教信仰，皈依基督教而遭亲人的斥责。于是，兄弟失和，他毅然责令孙中山停止了学业，并决定送其回国，以遏止弟弟日益升腾的宗教感情的发展。就这样孙中山结束了在檀香山4年多的生活和学习，于1883年（清光绪九年）7月，从夏威夷乘轮船启程
回国。
这时的孙中山，已不再是4年前出国时那个“仅识之无”的农家少年，而是一位已初步具有资产阶级政治观念和近代科学文化知识的17岁的青年知识分子，他的头脑里装了不少西方的文明观念。
回到家乡后，孙中山看到翠亨村风貌依旧，和4年多前没有什么两样，处处充满陈旧的气氛。如虎似狼的差役，贪赃枉法的官吏，求神拜佛的乡邻，抽鸦片、纳妾、滥赌的富人，连白薯也吃不上、依然过着饥寒交迫苦日子的农民，所有的一切都依旧那么令人窒息。孙中山用其比照檀香山的进步和文明，真像两个世界。他心中不满的情绪进一步加深。
这时发生了一件事，结果竟让孙中山在翠亨村失去了立足之地。这就是被后人称作大闹北极殿的事件。翠亨村的村庙北极殿，是地主阶级用来麻醉劳动人民，以神权进行统治的工具。孙中山认力那些泥塑木雕的偶像，骗人钱财，误人正事，对它们顶礼膜拜是一种愚蠢的迷信行为，要唤醒人民，必须破除迷信，于是就有了打碎泥菩萨的念头。
打碎泥菩萨之事，孙中山是与他的总角之交陆皓东一起干的。
陆皓东（1868—1895年）名中桂，字献香，号皓东。他原随在上海经商的父亲居住，父死后随母回乡。在翠亨村塾读书时，孙中山和他是同窗好友，两个人常一起谈论社会的黑暗和腐败，志同道合，几至形影不离。孙中山从檀香山归来后，好友重聚，更为投契。
就在这一年秋季的一天，孙中山和陆皓东等几个伙伴去庙中游玩，正碰上几个农民在香烟缭绕的大殿里虔诚地烧香拜佛，他当场劝告他们信奉无益，不要去相信世界上真有什么神仙能帮助穷人。为了证实自己的见解，孙中山边说着边跳上正殿的供桌，对着“北方真武玄天上帝”的手用力一击，只听“哗啦”一声，神像的手指和身体分了家，泥塑里面的烂泥、稻草和木头统统裸露了出来。在场的人都被惊呆了，简直不敢相信自己的眼睛。孙中山拿起神像的断指笑着对他们说：“你们看，我打断了它的手指，它还照样对着我傻笑，这种神灵有什么可以相信的！”接着，他又将左廊专司生育的“金花娘娘”塑像的脸皮刮破，并毁掉它的一只耳朵。在场的人全给吓蒙了。有个老人跪在地上，满口“罪过，罪过！”头也不敢抬起来。孙中山和陆皓东等人却在旁边哈哈大笑，兴尽而去。
孙中山这次破坏神像的行为，引起了轩然大波。它震撼了全村父老，引起许多人的反对，尤其是遭到本村豪绅地主的猛烈攻击。他们认为亵渎神灵，大逆不道，是不可宽宥的天大的罪行，纷纷向孙中山的父亲孙达成兴师问罪。
孙达成诚惶诚恐地对上门问罪的乡人作揖认错，保证严厉管教儿子。他为了祈求平息众怒，答应交纳银子10两修复神像和献上供奉，祈求神佛宽恕，给全村消灾除难，并要把孙中山逐出村子，责令他离开家乡，以示对他的处罚，这场风波才算了结。就这样，孙中山在翠亨村已无法立足，只能去了香港。
陆皓东也同样遭到乡人的责难，被迫出走。
1883年11月，到香港不久的孙中山进入了由英国圣公会主办的拔萃书室（Dioceson Home，男子中学），攻读高中课程，并在课余常到伦敦会长老区凤墀处补习国文。但在该校就读时间很短，不足两个月即退
学了。
同年冬季，孙中山在香港结识美国公理会传教士喜嘉理（D. R. Hager）。在喜嘉理牧师的劝说和主持下，他在1883年底的一天，与陆皓东一起在美国纲纪慎会（公理会）的布道所（香港必列者士街2号二楼）受洗加入了基督教。
据喜嘉理的记述：“1883年秋冬之交，余与（孙）先生初次谋面，声容笑貌，宛然十七八岁之学生……余职在布道，与之觌晤未久，即以是否崇信基督相质问。先生答云：‘基督之道，余固深信，特尚未列名教会耳。’余询其故，则曰：‘待时耳，在己固无不可也。’嗣后数月，果受礼奉教，余亲身其事。其受礼之地，在香港旧设之华人学堂中，距现有之美以美会教堂，约一箭地，地不著名，仪不繁重，而将来中华民国临时第一大总统，于是受圣礼皈救道焉。”随后，孙中山移居该教堂之二楼，与居住三楼的喜嘉理牧师时相往返，接触甚密。
此后，在他长期的革命生涯中，始终与基督教有着千丝万缕的联系。例如，所创建的兴中会、同盟会、中华革命党等团体，其誓约均冠以“当天发誓”字样，“是亦一种宗教宣誓的仪式，从基督教受洗之礼脱胎而来者也”。又如，兴中会成立时，孙中山“率先宣誓，将左手置于开卷的《圣经》上，高举右手，恳求上苍明鉴，以示矢志革命，卒底于成”，
等等。
当然，孙中山自受洗以后，随着知识的丰富和阅历的增长，他对基督教的信仰也不是一成不变的，而是有一个反复的发展过程。但是，他从来没有否定上帝的存在，在入教后长达42年的时间中也从来没有否认自己的基督教徒身份，对基督教一直怀有颇深的感情。
1922年间，孙中山曾明确地指出：“予始终是基督教信徒。不但予为基督教信徒，予之子、予之媳、予之女、予之婿、予之家庭、予之岳丈、岳母、予妻、予妻之姐、之弟、之妹，甚至连襟至戚，固无一而非基督信徒也。予有家庭礼拜，予常就有道之牧师闻道讲学，孰谓予非基督教徒乎？”甚至在孙中山去世前一天，当弥留之际，他在病榻上用手指着宋庆龄嘱咐何香凝说：“彼亦同志一分子，吾死后望善视之，不可因其为基督徒人而歧视之。”
可以这样说，基督教伴随着孙中山走过了伟大而光辉的一生。
1884年4月14日，孙中山转入香港英国当局开办的一所设备较完善的中央书院（The Central School），继续其高中学业。
这所学校创办于1862年（1889年改名域多利书院，1894年改名皇仁书院），办学宗旨是“沟通中西文化”，它的学科设置完备，师资力量充实，教学方法新颖，是当时堪称全香港第一流的高级中学。所授学科与课程有语文、文学、世界史、英国史、地理、几何、代数、算术、卫生、机械绘画、簿记及常识等。教师全部是来自英国本土的剑桥、牛津等名牌大学的毕业生，年轻饱学，思想新进；学生除在香港华人子女外，有来自英、美、葡萄牙、印度、菲律宾等许多国家的青年，也有少量从中国大陆去就读的
学生。
孙中山在学校学习十分刻苦，白天专心听课并认真复习；课余时间便抓紧时间涉猎群书，阅读中国诸子百家的著述，以增广见识；晚上，还专门请了教师帮他辅导古汉语。全班学生中以他的英文成绩最好，深得教师的夸奖。
孙中山在这所学校就读共两年半时间。由于他认真学习各门课程和刻苦攻读中外书籍，尤其是广泛涉猎西方国家政治、历史、文学等类书籍，从而进一步掌握了西方资产阶级文化知识，加深了对西方科学、社会及政治制度的认识。同时，由于接触到许多国家的优秀青年，不仅对他西学知识的增加大有裨益，而且对他的世界意识拓展也是一个难得的机会，更有可能认识和观察中国和世界的局势。这是他思想发展的一个重要时期。
孙中山身处香港，每天看到建在山上的华丽的殖民者的别墅、宅院和繁华的街道及近代的建筑。他经常细心地观察周围的一切，香港作为近代城市的市政面貌及管理方式，给了孙中山以思考改革中国社会的启示。后来，孙中山在回答自己革命思想得自何时何地时说，香港的市政建设给他以深刻印象并导致他进行政治上的反思。他说：“我于30年前在香港读书，暇时辄闲步市街，见其秩序整齐，建筑闳美，工作进步不断，脑海中留有甚深之印象。我每年回故里香山二次，两地相较，情形迥异……我恒默念，香山、香港相距仅50英里，何以如此不同？外人能在七八十年间在一荒岛上成此伟绩，中国以四千年之文明，乃无一地如香港者，其故
安在？”
这时，由于法国的侵略，爆发了1883年12月至1885年5月的中法战争。这场导致民族危机加深的战争，不仅极大地吸引了孙中山的注意力，而且深深地刺痛了他。
1885年4月，清政府在巴黎签订了“停战协定”，又于6月9日派李鸿章与法国公使在天津签订了投降卖国的《中法新约》，承认法国侵占越南，并且给予法国在广西、云南通商的特殊权益，还规定以后如在这两省修造铁路，要同法国人商办等。中法战争不败而败，使法国侵略者在军事失利的形势下，却在谈判桌上取得了战场上没有得到的东西，这真是中华民族的奇耻大辱！
清政府的昏庸、腐败及卖国，让孙中山认识到这个政府的统治是非除去不可了，从而增强了改革现状的思想和勇气。孙中山后来曾多次强调自己革命思想的起点在乙酉中法战败之年。
尽管当时信息传递很慢，可是孙中山在翠亨村毁像渎神，并在香港受洗入基督教的事情，不久还是被在檀香山的孙眉获悉。孙眉极为不满，他很生气地写信痛加斥责，警告他如不与基督教断绝关系，就要中止经济支援，不再供给他学费，但孙中山毫不理会。孙眉接着采取了第二个方案，他又写信给孙中山，佯称在檀香山的生意遭到失败，如今要改谋生路，但因过去有的商业财产用了孙中山的名义，故需他急速前去商量解决。这样，孙中山应孙眉之召，于1884年11月在香港辍学奔赴檀香山。
到檀香山后，孙中山在茂宜岛姑剌埠牧场见到了孙眉。兄弟二人因宗教观念的不同，发生口角，双方各执一端，争持不下。孙眉威胁要收回1882年间立约分给他的一笔财产。
然而使孙眉吃惊的是，孙中山竟不为所动，并坦诚地申辩说：“抱歉我使你失望，我抱歉不能在中国古人所走的路上尽我的责任，如果我的良心允许我，我也愿意遵守中国的法律做事……但是，中国自己并不能尽自己的责任。我不能遵守已败坏的习惯，你所很慷慨给予我的产业，我很愿意还给你，我不再有什么要求，财富不足以动我的心。”
办理完退还全部财产的法律手续之后，孙中山被孙眉安排到茄荷蕾埠所开设的商店里去当店员。孙中山去商店学做生意并非所愿，虽能忍让一时，终觉负气难言。他勉强干了3个月，翌年春便设法动身回国。他先请姐夫杨紫辉（即孙妙茜的丈夫）帮他归国升学，没有如愿；便又跑到火奴鲁鲁去，向过去奥阿厚书院的教师、美国传教士芙兰蒂文（F. W. Damon）以及旧日一些同学求援。师友们为他筹集到300美元的赠款，他便带上这笔路费于1885年4月离开檀香山经日本返国。
当孙中山在火奴鲁鲁行将启程归国的时候，孙眉闻讯曾赶去阻拦，但孙中山坚决要回国，决不再留在檀岛。同年8月，孙中山离开家乡再赴香港，回到中央书院复学，并在1886年他20岁时的夏季修完了中学课程。
在香港中央书院高中毕业后，孙中山面临着选择未来职业以继续深造的困惑。他曾对升学就业问题颇感踌躇，经过一番仔细考虑，终于择定了学习医科。
孙中山认为“医亦救人苦难术”，且“行医最能为功于社会”，可以通过战胜疾病，立己济人，保障国民健康，使国家强盛起来，所以应该从学医着手进行拯救祖国的活动。
孙中山对学医的兴趣和念头，还应追溯到他在檀香山读书的时候。据《总理开始学医与革命运动五十周年纪念史略》一文记载，孙中山在檀香山时，“日往访教会司铎杜南山君，见其架上有医科书籍，问何以需此？杜答谓：‘范文正公有云：不为良相，当为良医。窃采此意耳。’公（指孙中山）颔之。”
杜南山的这句话对孙中山的启发很大。他经过思考后，第二天又到杜家，对杜南山说：“君为我奉范氏之言，窃以为未当。吾国人读书，非骤能从政；即从政矣，未必骤秉国钧。倘殚心力以求作相，久不可期，然后为医，无论良医不易为，即努力为之，晚矣！我意一方致力政治，一方致力医术，悬其鹄以求之，庶有获也。”他的意思是要政治与行医二者相并而行才好。杜南山默默地听着，十分欣赏这个年轻人思考问题的能力。由此可见，孙中山“救国学医所行之志，已肇于此时矣”。
孙中山决定学医后，在1886年秋季，经喜嘉理的介绍，以减免学费的优待，进入了美基督教长老会所办广州博济医院附设医校（今广州中山医科大学孙逸仙纪念医院）学习。
博济医院（Conton Hospital）创办于清道光十五年（1835年），由美国公理会及长老会为“医疗传道”而设立，为东方各国西医西药之鼻祖，也是美国在远东创立的第一所西式医院，从此才开始有正式的“传教医生”（Missionary doctor）出现。
博济医院于1879年招生，男女兼收，为中国男女同校首创新例。课程主要是内科、外科（割症）、妇科、药学、化学、物理、生理学等基础科学。院长嘉约翰行医50年，擅长外科手术。
孙中山入学时，有同学男生12人，女生4人。孙中山入博济医院附设医校后，住哥利支堂10号宿舍。他在校半工半读，勤恳异常，除了学习本科医学知识外，余暇则研读古代文史书籍，并另聘陈仲尧先生讲授经史国学，每日前往陈寓受业，攻读古代名著。他对经史加意研求，特自购置《二十四史》一部，以供阅读，精研不辍。同时研读英汉合璧《四书》和英文蓝皮译本《法国革命史》。以为英译较诸其他版本更易明了。因其治学如此勤恳，不仅对中国伦理哲学体认颇深，且能融会贯通，对医术与国学均有心得，但他抱持“工作时工作，游戏时游戏”的原则，所以能善用时间，劳逸结合，增进时效。
在生活上，孙中山在校时，自奉甚简，布衣粗食，竹床瓦枕，随遇而安。时有化学教师喜谈佛偈，尝曰：“不有而有，有而不有。”他对这句佛偈印象很深，与同学经常讲此，以取笑乐。他的同学回忆其学习生涯时说：“聪明过人，记忆力极强，无事不言不笑，有事则议论滔滔，九流三教，皆可共语。竹床瓦枕，安然就寝，珍馐藜藿，甘之如饴。”
孙中山后来又转学香港西医书院深造。他自述道：“予在广州学医甫一年，闻香港有英文医校开设，予以其学课较优，而地较自由，可以鼓吹革命，故投香港学校肄业。”他所说的英文医院，即香港西医书院（The College of Medicine for Chinese，Hong Kong）。
先是1887年初，香港议政局议员、律师兼医生何启（1858—1914年，字迪之，号沃生，广东南海人），为纪念其亡妻英人雅丽氏（Alice Walkden），在香港荷李活道创办了雅丽氏医院，于当年2月中旬开业。该医院的中文名称为“利济医院”，意谓“上帝以利益济人”。它原系太平山之伦敦教会“赠诊所”，其性质与广州博济医院一样，同为传教而免费施诊赠药。嗣因业务需要日增，又在医院内开设香港西医书院。派人到广州招考能谙中、英文的新生。孙中山有感于该院师资、设备皆优，且香港较为自由，便于同年9月转学到该院就读。
孙中山在西医书院攻读了整整5年。在此期间，他除苦研医学外，还广泛涉猎攸关经国济民的社会科学及自然科学（物理及农学）等，尤其嗜读《法国革命史》和达尔文著的《物种起源》，把这两部书奉若珍宝，达到了废寝忘食的地步，常常半夜起床披衣研读，反复琢磨其中道理。这两部书对他的思想启发很大，他期望从中找到解决中国问题之钥匙。
同时，他在课余仍很重视进修中文，经常秉烛夜读，并先后获得王孟琴、陈仲尧两位教师的辅导。后来他在《复翟理斯函》中云：“文早岁志窥远大，性慕新奇。故所学多博杂不纯，于中学则独好三代两汉之文，于西学则雅癖达文之道，而格致政事亦常浏览。”说明其学习内容十分广泛。
孙中山在学医期间，不但受教于康德黎博士（Dr. James Cantlie），还经常跟着他学打板球。康氏在西医书院成立时自英国前来执教，后来接替孟生博士（Dr. Partrick Manson），出任第二任教务长。
康德黎在西医书院见到的第一个学生便是孙中山，他教授孙中山解剖学、实用初级外科学等课程。孙中山品学兼优，康德黎对这个高足极表赞赏，认为孙是“显而易见的诚实”，以及“单纯的性格”，视其为得意门生之一。康德黎认为，在其所教的24名学生中，孙中山对自己最具吸引力，因为他的品质文雅，勤奋求学；不论在学校或私人生活都表现出如绅士般的仪态，他实在是其他同学的模范。后来，他还曾这样称赞道：“我从未认识像孙逸仙这样的人，如果有人问我所知的最完美者是谁，我将毫不迟疑地指出孙逸仙。”这不仅指的是日常行止，在专业医术上亦然。
当时孙中山在香港读书的学费，是由孙眉自檀香山汇款资助的。有时汇票不能按时寄到，他为购买书籍等物，只好暂且挂账；可是汇款一到，立即清偿，同时邀约同学餐叙，大快朵颐。等到把钱花得所剩无几，他就索性待在学校里，用功读书，心无旁骛。后来他获得了工读的机会，每学期都有奖学金可拿，就不再依赖哥哥的供给了。
孙中山在香港西医书院历年的考试成绩，均名列前茅。1892年7月（清光绪十八年六月），他参加了第五学年考试，在应考4人中名列第一。孙中山的历年成绩总汇，在12门课程中，计有“H”十门（“H”为80分以上的荣誉成绩），“P”二门（“P”为合格成绩），总成绩是“最优异”，荣誉名次列第一名，他以首届毕业生之冠的优秀成绩毕业了。该院首届入学学生有12人，迭经考试后淘汰，毕业者仅孙中山和江英华二人。在同月23日举行的毕业典礼上，他接受了教务长康德黎颁发的西医书院第一名毕业执照，并获得丹那氏与美阿都氏合著《婴孩与儿童之病症》、纽曼氏著《外科肾症》、鲍尔比斯著《神经之损伤与病症及其治疗》三书作为奖品。毕业典礼结束后，康德黎又特别在家里设宴为孙中山和江英华二人庆贺，应邀作陪者50人，师生欢谈，气氛十分热烈。
至此，26岁的孙中山结束了他的学生时代。
孙中山的大学时代，与他日后革命思想的形成和革命事业的发展有着密切的关系。而且孙中山在大学时代交游广泛，这些人中有同学、有老师、有士绅，他们政治面貌不同，但不乏进步、开明甚至抱有反清思想的人士。这些不同类型的人，对于孙中山思想的发展及早期的革命活动，有着不同程度的影响。在这一时期，孙中山与之交往最密切的，首推“四大寇”中的陈少白、尢列、杨鹤龄三人。
陈少白（1869—1934年），原名闻韶，后改名白，字少白，号夔石，广东新会人，自小就从叔父处获得“西学译本多种”，因而“知世界大势，发生国家观念”。1889年，他在广州新办的格致书院就读，因家境日渐困难，预备到香港去半工半读，经区凤墀介绍，开始与孙中山相识。两人一见如故，“谈谈时局，觉得很入港，谈到革命的事，也是很投机。”第二年，陈少白在孙中山引荐下，得到康德黎同意，进入西医书院就读。两个人关系十分亲近，据冯自由在《革命逸史》初集中说，在孙中山肄业雅丽氏医院时期，及兴中会成立前后，“诸同志中与总理关系密切者，以陈君为最，总理实不啻倚之为左右手。”
尢列（1866—1936年），字少纨，广东顺德人，其祖与父都是学者，在当地是有影响的知识分子。尢列在结识孙中山以前，就游历过不少地方，足迹所及，内而大河南北，长江上下；外而朝鲜、日本。他还在上海加入过洪门会，又到过南京寻找太平天国遗迹。在民族危机深重的情况下，尢列“篙目时艰，慨然有匡复之志”，是一个见多识广而又有爱国反清思想的青年。1886年夏，他开始与孙中山结识。后来，他去香港考取了华民政务司署书记的职务，这样就使孙、尢有更多机会相聚。尢列曾从事舆图测绘工作，又游历甚广，他这方面的知识，自然会使熟悉地图、注意山川形势、关心风俗人情的孙中山感兴趣，加上两人同有反清思想，因而成为
密友。
杨鹤龄（1868—1934年）是孙中山的同村青年，自幼相熟。杨父在香港开设了一间名为杨耀记的商店，孙中山在西医书院时，经常到杨耀记，与杨来往更为密切。杨与尢列为广州算学馆同学。
大约在1889年至1890年间，孙、陈、尢、杨就常聚集在杨耀记商店楼上，一起“高谈造反覆满，兴高采烈，时人咸以‘四大寇’称之”。孙中山这样回忆：“予与陈、尢、杨三人常住香港，昕夕往还，所谈者莫不为革命之言论，所怀者莫不为革命之思想，所研究者莫不为革命之问题。四人相依甚密，非谈革命则无以为欢，数年如一日。故港澳间之戚友交游，皆呼予等为‘四大寇’。”这段回忆，就是孙中山所说的“革命言论之时代”，它正酝酿着向革命行动之时代过渡。
孙中山在大学时代的密友，还有早已认识的陆皓东和郑士良。陆皓东也和孙中山同村，小时曾同学。1883年孙中山在翠亨村毁坏神像，就是和陆皓东一起干的。孙中山读大学时，陆在上海电报局任报务员，但每次从上海回广东途经香港时，一定要找孙中山畅谈国家大事。陆也常下榻于杨耀记，与“四大寇”会见。在大学时代，孙中山与陆皓东的来往仍是很密切的。后来，陆皓东在孙中山影响下参加革命，成了为中国资产阶级民主革命而牺牲的第一位烈士。
郑士良（1863—1901年），号弼臣，广东归善人，因父辈的关系，从小就与会党绿林中人有交往，受到反清复明思想的影响，痛恨清朝官吏的贪污腐败。孙中山在广州博济医校读书时，与郑士良是同学。郑士良“为人豪侠尚义，广交游，所结纳皆江湖之士”。孙中山与郑士良谈到反清的事，郑听了以后表示悦服，并告诉孙中山，他日有事可罗致会党以听指挥。孙中山转学西医书院后，郑士良则于1888年回到归善淡水开设同生西药房，继续从事联络会党的工作。在此期间，他与孙中山的联络并未中断，经常到香港杨耀记与孙中山会面，极赞成孙中山的政治主张。
孙中山在大学时代的后期，还结识了香港辅仁文社的社长，即后来成为香港光中会总部会长的杨衢云。杨原名飞鸿，福建海澄人，生于一个有种族意识的知识分子家庭，自小随父在香港学英语，后在香港任英文教员、招商局英文书记长。香港时有英国海陆军人酗酒闹事，凌辱殴打中国人。杨衢云每遇这种情况，即“挥拳奋击醉兵”，因而屡被执送警署。他常愤慨地说：“外人待我不平，同胞必须发愤图强，其所以致此，皆因满胡压迫汉人，不能致中国强盛，故受外人欺侮也。”可见，杨衢云也是与“四大寇”、陆、郑等思想相似的青年。约在1891年，孙中山与杨衢云相识，经常谈论救国大计。1892年3月13日，杨和他的一些朋友组成了“辅仁文社”。孙中山后来在檀香山创立兴中会后回港，该社杨衢云、谢缵泰、黄咏商、周昭岳等人才能与“四大寇”等结合，组成香港兴中会
总部。
孙中山在大学时代还结识了一些有志于改革的维新派人士。这些人当中，对孙中山产生直接影响的，首推孙中山的业师何启。何启是香港中央书院的毕业生，后赴英国学医，毕业后再学法律，获法律学学士学位。1881年，何启回香港，先行医，后操律师业务，不久被推为香港议政局议员，在香港社会是个很有影响的人物。他是个精通西学的人，又是一个主张改革的爱国忧时之士。他明确提出中国在政治上必须改革，成为当时鼓吹改良最有力的人物之一。
孙中山早年上书中的一些改革主张，就和何启的某些主张颇为近似。何启后来对孙中山的革命活动抱同情和支持的态度，与大学时代的这段交往也有关系。
另一位与大学时代的孙中山有较密切关系的早期改良主义者是郑观应。郑观应是孙中山的同乡，比孙中山年长24岁，早年当过洋行买办，且在洋务派经营的企业中任过总办、帮办等职务。他既是一个“熟谙洋务”的官员，又是一个颇具爱国思想的维新人物。后来，孙中山上书李鸿章，事前，郑观应曾为之函请盛宣怀向李鸿章推荐，函中介绍孙中山的口气与《农功》篇中的介绍就颇为类似。可见郑观应对孙中山是了解和赏识的，且非泛泛之交。
除郑观应外，孙中山在大学时代还和另一位同乡、洋务派官员郑藻如有过联系。郑藻如早年中过举人，曾参与镇压红巾军起义；1869年任上海机器制造局帮办，颇得李鸿章赏识；1878年简放海关道，主办过洋务、海防及营务处支应局事务；1881年，赏二品衔，任出使美、日（日斯巴尼亚）、秘鲁三国大臣，任职期间，能保护华侨的权益；1886年因病归国，授光禄寺卿，但未前往就职。郑藻如曾与郑观应“同客沪滨”，“昕夕过从，结为道义交”。郑藻如辞官回籍养病时，正值郑观应闲居澳门，两人有了重行聚首的机会。郑藻如对《盛世危言》的书稿曾“悉心订正”，间亦参入自己的意见。郑藻如虽是个退职官员，但在香山“兴蚕桑之利，除鸦片之害”，是“一邑物望所归”的大绅。因此孙中山认为他是个有一定作为的乡前辈。孙中山何时结识郑藻如，未见文献记载，很可能是因郑观应的介绍，而产生了上书的想法。《上郑藻如书》与《上李傅相书》一样，是慕名投递的。从上书的语气看，郑藻如与孙中山过去并没有直接的交往。孙中山与郑的关系不算密切，这可能是由于年龄、地位和思想都有很大差别的
缘故。
此外，孙中山在大学时代，还与同学关景良、教友区凤墀、区的女婿尹文楷、区的朋友王煜初（王宠惠的父亲）建立了较为深厚的友谊，他们对孙中山的事业或生活，都给过一定的支持或帮助。
从上述孙中山大学时代的交游情况可以看出，这种交游为他日后形成革命团体，进行反清，具有极为重要的意义。